司法鉴定科学研究院长期以来承担着全国各地公安、检察和法院系统委托的各类疑难、复杂和涉外案件的鉴定，受理案件的地域已覆盖全国所有省、市、自治区和境外。由于本院在诉讼活动中的中立地位、规范的内部管理和技术先进的优势，而享有良好的社会声誉，在纠正冤假错案，化解纠纷和冲突，维护社会稳定，保障司法公正等方面发挥了重要作用。

本院依法在上海市司法局审核登记，是具有合法主体资格的司法鉴定机构。

本院围绕司法鉴定实践的重大需求，重点开展司法鉴定新技术、新方法、新标准的研制工作，形成多项具有国内领先水平和国际影响的标志性成果，为司法鉴定提供科技支撑。首创了覆盖ISO/IEC17025和ISO/IEC17020国际标准要求的司法鉴定质量管理体系，在全国司法鉴定行业率先通过中国合格评定国家认可委员会的检查机构/实验室认可的基础上，于2009年再次通过国家实验室/检查机构资质认定、实验室/检查机构和能力验证计划提供扯认可的“五合一”评审，具备国际行业认可的“提供可靠数据和司法证明”的能力。2009年被评为“全国司法鉴定先进集体”。2010年被国家级司法鉴定机构遴选委员会正式确定为“国家级司法鉴定机构”，2013年通过资质审核被继续授予该称号。

本院除一般的鉴定项目外，还设有某些特色项目，如毛发中毒药物鉴定、男子性功能鉴定、听觉视觉功能鉴定、复杂亲缘关系鉴定等。